Quatre ans après la bataille de Sekigahara, où les troupes de Tokugawa ont écrasé l'armée de Toyotomi, un jeune pharmacien, à l'air simple, appelé Mibu Kyoshiro cache un terrible secret : durant un combat à Sekigahara il a enfermé l'âme d'un terrible samurai pour le mettre hors d'état de nuire. Bien loin du but escompté, l'âme du guerrier maléfique refait surface ponctuellement, prenant le contrôle du corps du pauvre Kyoshiro. Cette âme damnée avait pour nom Onime no Kyo, le démon aux milles mille victime.Tout se complique lorsque le démon parvient à devenir le maitre du corps qu'il partage avec le jeune Pharmacien et qu'il se décide de partir à la recherche de son véritable corps,réputé indestructible.Mais Mibu Kyoshiro l'a caché dans une forêt impénétrable et dangereuse surnommé la Mer d'arbre.Comme si cela ne suffisait pas,les Généraux sacrés sont également à la recherche de ce fameux corps ce, dans le but de l'offrir à leur chef suprême: Oda Nobunaga.Dès lors il pourrait répandre ses démons sur toute la planète et la diriger d'une poigne de fer. Au fil de l'histoire, on se rendra compte que le Pharmacien de la paix et de l'amour et bien loin d'être le pacifiste qu'il prétend, qu'il a commis de nombreux meurtres, qu'il est à l'origine de nombreuses intrigues et, le plus important, qu'il ne faisait qu'un avec le démon Onime no Kyo. A l'inverse, ce dernier s'attachera à des personnes qu'il juge faibles et sans intérêt. Dans la quête de son corps, il sera aideé par de nombreux compagnons comme Yuya, Benitora, Yukimura, ou Migeira... Il ira même contre sa nature de tueur en sauvant de nombreuses fois la vie de ses amis. Il est également bon de noter que Kyo possède une arme à la puissance démesurée forgée par un forgeron de génie : Muramasa. Ce dernier forgea 5 armes de ce type : Tenro, Hajao, Hokurakushimon, Tengukou et Shibien. Au fil de leurs aventures, nos héros parviendront à toutes les récupérer. Elles fusionneront alors entre elles pour former l'arme ultime capable de vaincre le mal absolu. Ironiquement, Kyo et Kyoshiro ne feront plus qu'un également, ce qui aura pour effet de décupler leur force et d'avoir la capacité de réduire à néant les ambitions du terrible Oda Nobunaga.
